Международная Высшая Школа Медицины получила патент на собственную эмблему, разработанную специально для МВШМ. Эмблема была разработана в 2004 году по инициативе первого ректора МВШМ Чынгышпаева Шамиля Мукашевича совместно с Ахунбаевым С.М., Узаковым О.Ж. и Мусаевым У.Р.

На логотипе мы видим:

1.  Карту планеты Земля. Это означает, что МВШМ рада принять студентов со всего мира.

2. Вокруг земного шара изображена пшеница. Это символ плодородия.

3. Вокруг пшеницы надпись «INTERNATIONAL SCHOOL OF MEDICINE» (Международная Высшая Школа Медицины) на английском языке. Это символизирует обучение на английском языке.

4. На переднем плане, на фоне карты Земли, изображена аббревиатура: английская буква S уподобляется змее, что  олицетворяет змеиный яд, который является лекарством от многих болезней и считается традиционным знаком здоровья в медицине.

5. В нижней части логотипа надпись «Кyrgyzstan» (Кыргызстан), что означает, что ВУЗ расположен в Кыргызстане.

6. На эмблеме изображена квадратная академическая шапочка. Это призыв студентов для получения лучшего образования и диплома.

29 октября 2004 г. Приказом № 14 эмблема была разрешена к использованию. С этого дня она изображается во всех официальных документах учреждения.