Заманбап дүйнѳдѳ илим кѳптѳгѳн тармактарга жана коомчулуктун жашоо аймагында бир кыйла салым кошуп келет.

Эл аралык жогорку медициналык мектептин түзүлүшүнѳн баштап, илимий билим берүү мекемесинин жаңы генерациясы катары, Кыргызстан үчүн да Түштүк-Чыгыш Азия ѳлкѳлѳрү үчүн да эл аралык дарыгерлерди, илимий жана илимий педагогикалык кадрларды даярдоочу борборго акырындан трансформацияланууда. ЭАЖММынын илимий ишмердүүлүгүндѳ артыкчылык, Кыргызстандын калкынын саламаттыгын ѳзгѳрүлмѳлүү климаттын шартында, айлан- чѳйрѳнүн таасиринде изилдѳѳ.

ЭАЖММынын түзүмдүк бѳлүмдѳрүндѳ профессор-окутуучулар курамы 218 штаттык жана 188 айкалыштыруучу болуп иштеген кызматкерлерден турат. ЭЖММынын кызматкерлери 2003-2020-жылдар аралыгында кандидаттык илимий жана докторлук илимий даражасын алуу үчүн 40 ашык илимий-изилдѳѳ иштери бекитилген. Жыл сайын эл аралык катышуучулар менен илимий практикалык конференциялар менен ѳтүлүп турат. 2000ден ашык илимий жана илимий-усулдук иштер жергиликтүү жан чет ѳлкѳлүк басылмаларда басылды. Ошондой эле 40 ашык монографиялар жана окуу куралдары Билим берүү жана илим министрлигинин грифи менен жарыяланды. ЭАЖММ ТЕМПУС жана ЕРАСМУСтун грантхолдери жана PhD докторантураны киргизүү боюнча сынактык долбоорду ийгиликтүү ишке ашырууда.

ЭАЖММынын негизги илимий бѳлүгүнүн түзүмдүк бѳлүмдѳрү тѳмѳнкүлѳр:

• Илимий-аналитикалык бѳлүм. Бѳлүм ЭАЖММынын профессор-окутуучулар курамынын жана студенттеринин илимий-изилдѳѳ ишмердүүлүктѳрүн координациялоону, мерчемдѳѳнү жана уюштурууну иш жүзүнѳ ашыруу менен ошондой эле ЭАЖММынын башка илимий мекемелер, ЖОЖдор жана саламаттыкты сактоо мекемелери менен болгон илимий-изилдѳѳ иштерин координациялайт. 
• Аспирантура сектору. (Кыргыз Республикасынын Билим берүү жана илим министрлигинин ЭАЖММда Аспирантура ачуу боюнча 2018-жылдын 13-ноябрындагы №1392/1 буйругу боюнча) Илимий жана илимий-педагогикалык кадрларды даярдоо программасынын негизинде: хирургия, педиатрия, жугуштуу оорулар, терапия, акушерлик жана гинекология, физиология, патологиялык физиология, жалпы саламаттык жана саламаттыкты сактоо боюнча адистерди даярдоону ишке ашыруу.
• КР Жогорку аттестациялык комиссия. Диссертациялык кеңештер. Докторлук жана кандидаттык диссертацияны коргоо боюнча 2 диссертациялык кеңеш иштеп, тѳмѳнкү багыт боюнча иш алып барат: жугуштуу оорулар, гигиена, эпидемиология; физиология, патологиялык физиология; калыбына келтирүүчү медицина, спорт медицинасы, дарылоо дене тарбиясы, курортология жана физиотерапия.
• “Евразия медициналык журналы” редакциясы
• Редакциялык-басма кеңеши
• Интеграцияланган илимий-изилдѳѳ борбору
• Лабораториялар

Бѳлүмдүн кызматкерлери аспирантурага тапшыруу жана окуу шарттары, алдыңкы илимий басылмаларда макалаларын, окуу куралдарын жарыялоо сыяктуу илимий-изилдѳѳ ишмердүүлүгүнѳ байланышкан маселелер боюнча иш алып барышат.