Эл аралык жогорку медициналык мектептин билим берүү жана илимий-изилдѳѳ ишмердүүлүгүндѳгү олуттуу багыты болуп, магистратураны экинчи деңгээлдеги жогорку билим берүү катары ѳнүктүрүү. Магистрлик программа 2020-жылы «Коомдук саламаттыкты сактоо» багытында ачылган. Кыргыз Республикасынын мамлекеттик билим берүү стандарттарынын жаңы муунун талаптарына ылайык заманбап эмгек рыногунун керектѳѳлѳрүн эске алуу менен ЭAЖММынын алдыңкы кафедраларынын жана илимий мектебинин базасында магистрлик программаларды ачууга жигердүү окуу-усулдук жана уюштуруу иштери жүрүүдѳ.
 
Кыргыз Республикасынын жогорку билим берүүнүн мамлекеттик билим берүү стандарттарынын талаптарына магистрлик программалардын мазмуну туура келет. ЭAЖММынын дипломдон кийинки окутуу бѳлүмү артыкчылыктуу укукта болуу менен магистрлик даярдоого жалпы жетекчилик кылып, ошол эле учурда конкреттүү магистрлик программаларга жетекчиликти илимий жетекчилер – алдыңкы окумуштуулар, илимдин докторлору, профессорлор ишке ашырышат. Бакалавриаттан айырмалуу магистратурада студенттердин ѳз алдынча иштѳѳлѳрүнѳ кѳңүл бурулуп, кѳлѳмдүү ѳз алдынча тапшырмалар, семестрдеги илимий-изилдѳѳ иштери, магистрлик диссертацияны аткаруу жана ошондой эле илимий-педагогикалык практиканы ѳткѳрүү каралган.